贝尔蒂埃不断听到各种抱怨，如法国军人甚至军官不守规矩等，包括密报有人煽动军心以及军官私分军用物资。现在，甚至对军队的r常管理也变得困难起来。迪盖、雷尼尔和德塞不断送来伤感并令人灰心的报告，令贝尔蒂埃对军队现状深感困惑和不可捉摸。
军需官索西负责为分布在方圆上万平方英里的军队提供军需品。 总司令部接到报告说有人抱怨军需品和食物没有运到他们的驻地，特别是在塔米亚和亚历山大海岸一带。几个月之后，索西非法私吞军用物资以及将军用物资送到黑市上出售的事实才得以完全暴露于众。
同时，在开罗对军队进行整编之后，拿破仑必须进一步征服整个埃及，尽管他在给督政府的报告中称埃及已平安无事，实际上，连罗塞塔和塔米亚也不平安。从亚历山大到开罗一线的法军武装运输部队处处遭到袭击，甚至连来往于总司令部的若g军使也遭到杀害，其中一名是拿破仑最钟爱的副官朱利安——为此，拿破仑不得不用重兵护送军使。与此同时，梅努将军要对付罗塞塔周围以及从罗塞塔到拉马尼亚一带的埃及敌对分子；维亚尔则被派往塔米亚去驻守港口和极其重要的粮食储备仓库；扎约翁谢克被派往梅努夫和尼罗河三角洲扩###军影响，做好向东扩张的准备。
换句话说，虽然拿破仑在金字塔大战取得了胜利，但除了亚历山大和开罗之外，这个国家仍然在继续和法军作战。没有一个地区可以免于小规模袭击的s扰。此外，残余的马穆鲁克军仍然具有一定势力，易卜拉欣贝伊军在开罗的东北面，穆拉德贝伊军则分布在尼罗河沿线的法尤姆以南地区。
拿破仑带来的32；000人的远征军，目前只剩下2万人左右可供调遣（另有6；000人在医院，或驻守各地）。8月18r，贝尔蒂埃将这个令人吃惊的数字报告了拿破仑。拿破仑在不到两个月的时间内损失了7；000人。不用说，在给巴黎的报告中，这一点儿也没有提到。
尽管入侵和攻占异国的残酷现实不容置疑，但是拿破仑却为后代做出了法国人在落后的法老王领地执行“文明?